Hencovce ležia pri západnom brehu Ondavy, v nadmorskej výške asi 123m.

Podhorský stupeň Nízskych Beskýd tvoria mladotreťohorné uloženiny (vápnité íly, tufity, pyroklastiká ryodacitov, sliene, zlepence a flyšoidné vrstvy) na rovine prikryté mocnou vrstvou štvrtohorných piesčito - kalových usadenín. V chotári sa nachádzajú železnaté, sírne a slané pramene.

Priemerná ročná teplota je 8-9°C a ročný priemerný úhrn zrážok okolo 650 mm. V okolí Ondavy sa vyskytujú divé kačice.